现在还不知道HIV确切的来源，科学家们有各种HIV起源的理论性推测，但是均没有得到证实。一般认为非洲是HIV的发源地。HIV到底有多长的历史至今仍然是一个谜。目前最早的一份艾滋病病人的血液标本来自于1959牙年非洲的金萨沙， 基因分析提示这种病毒可能是从20世纪40年代末50年代初出现的一种新病毒发展而来的。
HIV是高度变异的病毒，它的变异之大是空前的。目前发现的Hlv有两种，HIV-1和HIV-2. HIV-1又可以分为M群和0群.HIV-1的M群是引起艾滋病在世界各地流行的主要原因。M群又包括A、B、C、D、F、G、H、J、K 9个亚型，还有大约37个流行重组型（CRF）。推测HIV-1的M群是在1960年左右开始分化成不同的亚型，而M群和O群的分化大约发生于19世纪后期。
艾滋病已经确认是由一种逆转录病毒引起的。1983年著名的法国巴斯德研究所肿瘤病毒室主任蒙嗒尼尔（Montagnier）首先从一名患淋巴结病综合症的男性同性恋者的淋巴结中分离到一种艾滋病的淋巴结病相关病毒（LymphaenopathyAssociatedVirus）简称LAV。1984年美国国立肿瘤研究所的研究人员也报告从艾滋病病人血液标本中分离到多株逆转录病毒，因为这种病毒主要侵犯那些起免疫作用的淋巴细胞，所以命名为嗜人TH淋巴细胞三型病毒（HumanT-LymphotrophicVirusⅢ）简称HTLV-Ⅲ。这两种病毒被认为是同一种逆转录病毒的变种，并肯定为引起艾滋病的病原体、把它称为LAV/LTLV-Ⅲ。
HIV呈袋状球形，直径约150毫微米，包膜由一薄层类脂质构成，具有抗原性。HIV有10%碱基序列不同。是单链RNA病毒，外有核壳蛋白，此外还有一种特殊的逆转录酶，能以单链RNA作为模块，转录为双链DNA，该双链DNA可与宿主细胞的DNA结合然后逆转录为病毒的单链DNA，因此感染艾滋病病毒后，病毒的核酸永远与宿主细胞结合在一起，使得感染不能消失，机体无法清除病毒。
现已证实HIV是嗜T4淋巴细胞和嗜神经细胞的病毒。HIV由皮肤破口或粘膜进入人体血液，主要攻击和破坏的靶细胞T4淋巴细胞（T4淋巴细胞在细胞免疫系统中起着中心调节作用，它能促进B细胞产生抗体），便得T4细胞失去原有的正常免疫功能。当激活免疫反应的T4细胞几乎全部被HIV消除，T4细胞抑制细胞在数量上巨增，相反病人体内T4细胞在数量上骤减，从而导致病人的免疫功能全部衰竭，为条件性感染创造了极为有利的条件。
HIV对神经细胞有亲合力，能侵犯神经系统，引起脑组织的破坏，或者继发条件性感染而致各种中枢神经系统的病变。
HIV和其它逆转录病毒一样，当逆转录酶使病毒的RNA作为模板合成DNA而成前病毒DNA整合到宿主细胞的DNA中时，HIV带有的致癌基因可使细胞发生癌性转化，特别是在细胞免疫遭到破坏，丧失免疫监视作用的情况下，细胞癌变更易发生。